Sau ngày miền Nam giải phóng, đất nước thống nhất để bảo đảm cho việc khám chữa bệnh đối với cán bộ trung cao cấp, ngày 21 tháng 7 năm 1995, Ban Thường vụ Trung ương Cục miền Nam đã ra Nghị quyết số 07/QĐ75 “Về việc tổ chức bệnh viện để điều trị cho cán bộ cao cấp, trung cấp của quân, dân, chính, Đảng”.

Nghị quyết nêu rõ: Lấy Bệnh viện Vì Dân làm Bệnh viện của Trung ương Cục để điều trị cho cán bộ cao cấp, trung cấp quân sự và dân chính đảng, đồng chí bác sỹ Nguyễn Thiện Thành - Chủ tịch Hội đồng bảo vệ sức khỏe của Trung ương Cục làm Viện trưởng; điều chỉnh và tăng cường số cán bộ, phương tiện của Bệnh viện trung cao của Trung ương Cục (Bệnh viện Hoàng Lệ Kha), Bệnh viện K71 của quân sự (Bệnh viện Cơ đốc); quân y, dân y mỗi bên cử 03 cán bộ (chuyên môn, chính trị, hậu cần) cùng đồng chí Nguyễn Thiện Thành triển khai thực hiện.

Chấp hành Nghị quyết của Ban Thường vụ Trung ương Cục, vào khoảng tháng 9 năm 1975 bác sĩ Nguyễn Thiện Thành cùng các đồng chí cán bộ được tăng cường bắt tay vào công việc tiếp nhận cơ sở hạ tầng và xây dựng đội ngũ, củng cố tổ chức thành lập Bệnh viện với tên gọi là Quân Y viện Thống Nhất. Cũng trong khoảng thời gian này tổ chức Đảng của Bệnh viện được thành lập với quy mô tổ chức là Đảng bộ cơ sở trực thuộc Đảng ủy Cục Hận cần (Bộ Quốc phòng), đồng chí Đại tá Nguyễn Việt Hồng - Phó Chính ủy Cục Hậu cần được điều động về làm Bí thư Đảng ủy, Chính ủy Bệnh viện. Đến ngày 01 tháng 11 năm 1975 mọi công tác chuẩn bị đã hoàn tất, Quân Y viện Thống Nhất bắt đầu nhận những bệnh nhân đầu tiên. Và kể từ đó, ngày 01 tháng 11 hàng năm trở thành ngày truyền thống của Bệnh viện. Trong khoảng thời gian này Đảng bộ Quân y viện Thống Nhất có 09 chi bộ, hơn 130 đảng viên.

Ngày 27 tháng 8 năm 1976 Phó Thủ tướng Chính phủ Phạm Hùng đã ký Quyết định số 08/QĐ-TTg-B về việc thành lập Bệnh viện Thống Nhất thực hiện nhiệm vụ: Khám bệnh, chữa bệnh và quản lý sức khỏe cho cán bộ trung cao cấp quân, dân chính, đảng và một số khách quốc tế cần thiết hoạt động ở miền Nam; tham gia quản lý sức khỏe cán bộ cao cấp, cấp cứu, điều trị tại nhà cho các đồng chí Trung ương ủy viên, phục vụ về mặt y tế cho các hội nghị do Trung ương Đảng hoặc Chính phủ tổ chức tại miền Nam. Bám sát nhiệm vụ được giao và tình hình thực tiễn miền Nam vừa mới được giải phóng, Đảng ủy Bệnh viện đã tập trung lãnh đạo củng cố tổ chức, ổn định tư tưởng cán bộ nâng cao tinh thần cảnh giác trước sự phá hoại của lực lượng thuộc chế độ cũ có nợ máu với cách mạng đang còn ở lại Sài Gòn; ổn định mọi mặt đưa Bệnh viện đi vào hoạt động có nền nếp.

Được sự quan tâm, lãnh đạo trực tiếp của Đảng ủy Cục Hậu cần, của Thủ trưởng Bộ Quốc phòng, sự giúp đỡ nhiều mặt của Bộ Y tế và của Ủy ban nhân dân thành phố Hồ Chí Minh. Tập thể Đảng ủy Bệnh viện với những cán bộ đã được tôi luyện trong chiến tranh có nhiều kinh nghiệm chuyên môn, có lập trường cách mạng vững vàng đã đề ra nhiều chủ trương giải pháp đúng đắn lãnh đạo Bệnh viện vượt qua khó khăn ban đầu, đoàn kết đưa Bệnh viện ngày càng phát triển đi lên hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ được giao. 

Ngày 25 tháng 3 năm 1978 thay mặt Chính phủ, Phó Thủ tướng Phạm Hùng ký Quyết định số 45-TTg-B chuyển giao Bệnh viện sang Bộ Y tế quản lý. Đến ngày 11 tháng 5 năm 1978, Bộ Y tế chính thức tiếp nhận và quản lý Bệnh viện Thống Nhất. Lúc này Bệnh viện được bổ sung thêm các nhiệm vụ:

(1) Khám và điều trị cho gia đình cán bộ theo sự phân công và quy định của Ban Tổ chức Trung ương Đảng;

(2) Bồi dưỡng, bổ túc chuyên môn kỹ thuật cho cán bộ, nhân viên và tham gia công tác nghiên cứu khoa học;

(3) Chỉ đạo tuyến trong việc quản lý sức khỏe cán bộ thuộc diện Bệnh viện quản lý.

Sau khi được chuyển giao về trực thuộc Bộ Y tế, Bệnh viện Thống Nhất được tổ chức xây dựng theo mô hình mới. Đây là một bước ngoặc lịch sử của Bệnh viện và của Đảng bộ, thời gian này do một số đồng chí cán bộ trở về lại Bộ Quốc phòng nên số lượng cán bộ, đảng viên của Đảng bộ Bệnh viện có sự giảm xuống đáng kể; bác sĩ Trần Minh Chánh được bầu giữ chức vụ Bí thư Đảng ủy (thay đồng chí Trần Việt Hồng trở lại Bộ Quốc phòng), Đảng bộ cơ sở Bệnh viện Thống Nhất được chuyển về trực thuộc Thành ủy thành phố Hồ Chí Minh. Đứng trước tình hình đó, Đảng bộ đã tập trung lãnh đạo ổn định tư tưởng cán bộ viên chức, củng cố tổ chức tiếp nhận thêm một số bác sỹ từ Bệnh viện Đồn Đất, từ Hà Nội và một số nơi khác bổ sung về, thực hiện nhiệm vụ trọng tâm là nâng cao chất lượng chuyên môn và tinh thần phục vụ xây dựng đội ngũ cán bộ viên chức “vừa hồng, vừa chuyên”.

Trong điều kiện bao cấp, kinh tế khó khăn, vật chất thiếu thốn mọi bề Đảng ủy đã ra Nghị quyết lãnh đạo tăng cường công tác tiết kiệm và thành lập Ban cải thiện đời sống để giúp nhân viên Bệnh viện vượt qua khó khăn. Với đặc điểm đội ngũ cán bộ, viên chức của Bệnh viện phần lớn là các quân nhân mới bước ra từ chiến trường. Ngay từ năm 1976, Đảng ủy - Ban Giám đốc Bệnh viện đã rất quan tâm động viên và tạo điều kiện cho đi học văn hóa kể cả cấp I, cấp II, cấp III; nhiều y sỹ, dược sỹ trung học cũng được đưa đi đào tạo để trở thành bác sỹ, dược sỹ đại học. Bên cạnh việc bồi dưỡng văn hóa và chuyên môn, Đảng ủy Bệnh viện cũng rất quan tâm đến việc bồi dưỡng lý luận chính trị mở các lớp trung cấp lý luận chính trị tại Bệnh viện cho đối tượng cán bộ chủ chốt là đảng viên và đối tượng đảng viên, cán bộ cấp khoa, phòng không phải là đảng viên.

Bằng chủ trương và giải pháp lãnh đạo đúng đắn của tập thể Đảng ủy - Ban Giám đốc, sự nhiệt tình trách nhiệm của đội ngũ cán bộ, đảng viên, Bệnh viện không những đã sớm ổn định được tổ chức mà đã có sự phát triển rất nhanh và đúng hướng tạo được niềm tin cho bệnh nhân và lãnh đạo cấp trên. Với kết quả đạt được bước đầu cùng với những thành tích trong những năm chiến tranh của đơn vị tiền thân, ngày 03 tháng 3 năm 1980 Bệnh viện Thống Nhất đã vinh dự được đồng chí Chủ tịch nước Tôn Đức Thắng ký quyết định tặng thưởng Huân chương Quân công hạng Hai.

Phát biểu trong trong buổi lễ đón nhận Huân chương, đồng chí Nguyễn Duy Cương - Thứ trưởng Bộ Y tế nói: Từ ngày hòa bình được lập lại, trong một hoàn cảnh mới, với một tổ chức hoàn chỉnh, với đội ngũ cán bộ nhân viên được bồi dưỡng và tăng cường về mọi mặt, với kiến thức khoa học kỹ thuật không ngừng được nâng cao, với phương pháp và tác phong làm việc chính quy Bệnh viện đã kịp thời chuyển hướng thích hợp điều kiện hoạt động mới; với tinh thần phục vụ cao, Bệnh viện đã chăm sóc chu đáo sức khỏe hàng vạn cán bộ. Đây là một sự góp công rất lớn của Bệnh viện nói riêng và của ngành y tế nói chung vào sự nghiệp cải tạo và xây dựng CNXH ở nước ta.

Kể từ khi được chuyển về Bộ Y tế quản lý, Bệnh viện ngày càng được chấn chỉnh và ngày càng thêm tiến bộ; có nhiều cố gắng trong việc cải tiến nội dung, phương pháp công tác đáp ứng đắc lực cho yêu cầu bảo vệ sức khỏe cán bộ với số lượng ngày càng đông đảo; tạo sự tín nhiệm ngày càng nhiều của bệnh nhân. Bệnh viện thu hút được tình cảm tốt đẹp của bệnh nhân người nước ngoài, chuyên gia, đoàn ngoại giao và khách của Đảng, Nhà nước.

Kế thừa những thành tích đó, trải qua 40 năm xây dựng, phấn đấu trưởng thành các thế cán bộ, đảng viên, viên chức Bệnh viện luôn đoàn kết, khắc phục khó khăn vươn lên hoàn thành tốt nhiệm vụ được giao. Liên tục nhiều năm liền được Bộ Y tế công nhận là đơn vị xuất sắc toàn diện. Được Đảng, Nhà nước và Bộ Y tế tặng nhiều phần thưởng cao quý như: Huân chương Quân công hạng Hai (1980), Huân chương Lao động hạng Nhất (1998), Huân chương Độc lập hạng Ba (năm 2003), đơn vị Anh hùng Lao động thời kỳ đổi mới (năm 2005); nhiều cờ thi đua và bằng khen của Chính phủ, của Bộ Y tế. Có 02 cán bộ viên chức Bệnh viện được phong tặng danh hiệu Anh hùng Lao động, 06 Thầy thuốc Nhân dân, 43 Thầy thuốc Ưu tú, và nhiều cá nhân được tặng thưởng Huân chương Lao động Nhất, Nhì, Ba. Năm 2013, Bệnh viện đã được Chủ tịch nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam tặng thưởng Huân chương Độc lập hạng Nhì. Đây là sự ghi nhận đồng thời là sự động viên khích lệ lớn lao đối với cán bộ, viên chức của Bệnh viện.

Lúc mới thành lập, Bệnh viện chỉ có quy mô 450 giường và chủ yếu là khám và điều trị về nội và ngoại chung, thì hiện nay Bệnh viện đã phát triển và mở rộng quy mô 1.143 giường. Gồm 31 khoa lâm sàng, 6 khoa cận lâm sàng, 2 khoa hỗ trợ, 12 phòng chức năng với gần 1.300 cán bộ viên chức thực hiện nhiệm vụ chính trị trung tâm là khám, chữa bệnh cho cán bộ trung cao cấp của Đảng, Nhà nước và lực lượng vũ trang.

Trong đó có một phòng bảo vệ sức khỏe cho cán bộ thuộc diện Trung ương quản lý ở phía Nam và một khoa điều trị cán bộ cao cấp. Hiện nay Bệnh viện đã có đủ các chuyên khoa phát triển theo hướng chuyên sâu cả về nội và ngoại khoa trong đó có nhiều chuyên khoa mũi nhọn như lão khoa, tim mạch, tim mạch cấp cứu và can thiệp, phẫu thuật nội soi. Bệnh viện có thể thực hiện được hầu hết các kỹ thuật mà các đơn vị bạn trên địa bàn làm được; nhiều kỹ thuật tiên tiến, hiện đại được áp dụng có hiệu quả trong chẩn đoán và điều trị.

Bệnh viện thực hiện công tác bảo vệ chăm sóc sức khỏe thường xuyên cho khoảng 100 cán bộ thuộc diện Trung ương quản lý. Hàng năm thực hiện bảo đảm y tế cho khoảng từ 5 đến 7 sự kiện chính trị - xã hội quan trong diễn ra trên địa bàn, phục vụ khám sức khỏe cho khoảng 20 đoàn khách ngoại giao quốc tế của Đảng, Nhà nước tạo được niềm tin và uy tín đối với các nước bạn, được Ban Bảo vệ chăm sóc sức khỏe Trung ương đánh giá cao và tặng thưởng nhiều bằng khen. Bên cạnh thực hiện nhiệm vụ chuyên môn, Bệnh viện cũng đã tham gia thực hiện tốt công tác đào tạo nguồn nhân lực cho ngành y tế, là cơ sở thực hành của sinh viên nhiều trường đại học, trung cấp chuyên ngành y dược trên địa bàn, trong đó có ĐH Y Dược thành phố Hồ Chí Minh, Khoa Y Đại học Quốc Gia thành phố Hồ Chí Minh, Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch. Là đơn vị giúp việc đồng thời có nhiều thành viên tham gia trong Hội đồng chuyên môn Bảo vệ sức khỏe cán bộ miền Nam, Bệnh viện đã góp phần quan trọng cùng với các thành viên của đơn vị bạn thực hiện rất tốt công tác chẩn đoán và điều trị cho cán bộ thuộc diện Bộ Chính trị, Ban Bí thư và Trung ương quản lý.

Trong quá trình hình thành và phát triển của mình, bên cạnh những thuận lợi cơ bản, Bệnh viện cũng có những giai đoạn khó khăn nhất định. Trong giai đoạn 2006 - 2007, do yêu cầu đặc thù nhiệm vụ và những lo toan thường nhật của cuộc sống gia đình, nhiều y bác sỹ của Bệnh viện phải chuyển công tác, tạo nên lỗ hổng lớn về nguồn nhân lực. Có thể nói, đây là một trong những giai đoạn khó khăn nhất của Bệnh viện. Đứng trước tình hình đó Đảng ủy - Ban Giám đốc Bệnh viện đã tranh thủ được sự quan tâm của lãnh đạo Đảng, Nhà nước và sự lãnh đạo, chỉ đạo kịp thời của Bộ Y tế, sự đùm bọc giúp đỡ của thành phố Hồ Chí Minh. Đặc biệt là sự tâm huyết, trách nhiệm của những con người thủy chung gắn bó, Bệnh viện đã nhanh chóng vượt qua khó khăn, từng bước ổn định và phát triển đi lên.

Dù trong hoàn cảnh nào Đảng ủy, Đảng bộ Bệnh viện đều luôn thực hiện tốt chức năng lãnh đạo của mình, thường xuyên quán triệt sâu kỹ các chủ trương, đường lối lãnh đạo của Trung ương; chỉ thị, nghị quyết của Thành ủy thành phố Hồ Chí Minh và Đảng ủy khối cơ sở Bộ Y tế, bám sát nhiệm vụ thực tiễn của Bệnh viện đề ra những chủ trương lãnh đạo đúng đắng trong từng giai đoạn, từng thời điểm cụ thể. Đồng thời thực hiện giám sát chặt chẽ việc tổ chức thực hiện của đội ngũ cán bộ, đảng viên. Đây là một trong những nhân tố quan trọng hàng đầu quyết định đến mức độ, khả năng hoàn thành nhiệm vụ của Bệnh viện trong thời gian qua. Thường xuyên quan tâm đến công tác nắm bắt và giáo dục, định hướng nhận thức chính trị cho đảng viên và quần chúng trong đơn vị nhất là trước các vấn đề xảy ra được dư luận quan tâm. Tình hình tư tưởng chính trị của cán bộ, đảng viên, viên chức ổn định tin tưởng vào sự lãnh đạo của Đảng Cộng sản Việt Nam, không có biểu hiện hoài nghi dao động. Kết quả đánh giá, phân tích chất lượng đảng viên, tổ chức đảng hàng năm Đảng ủy, Đảng bộ Bệnh viện luôn đạt trong sạch vững mạnh và nhiều năm đạt trong sạch vững mạnh tiêu biểu, được Thành ủy thành phố Hồ Chí Minh tặng cờ năm năm liền đạt trong sạch vững mạnh tiêu biểu (1990 - 1995).

Quan tâm lãnh đạo tổ chức Công đoàn và Đoàn Thanh niên Cộng sản Hồ Chí Minh Bệnh viện hoạt động có hiệu quả, đúng chức năng nhiệm vụ của mình, bảo vệ chính đáng quyền, lợi ích hợp pháp của người lao động và giáo dục định hướng phát triển cho đoàn viên thanh niên. Tổ chức được nhiều hoạt động văn hóa thể thao nâng cao đời sống tinh thần cho cán bộ viên chức, xây dựng mối đoàn kết gắn bó trong đơn vị góp phần thiết thực để Bệnh viện hoàn thành tốt nhiệm vụ chính trị được giao. Hăng hái, quan tâm đến công tác khám, chữa bệnh từ thiện cho bà con nghèo, đối tượng chính sách trên địa bàn và các tỉnh lân cận (những năm gần đây mỗi năm có khoảng 10.000 đối tượng được khám, tư vấn sức khỏe và cấp thuốc miễn phí) góp phần cùng với địa phương thực hiện chính sách an sinh xã hội.

Đảng bộ Bệnh viện đã trải qua 15 kỳ đại hội, 09 đồng chí được bầu làm Bí thư Đảng ủy, đồng chí Nguyễn Việt Hồng là Bí thư Đảng ủy đầu tiên (1975 -1978), tiếp theo là đồng chí Trần Minh Chánh (1978 - 1988), đồng chí Trần Hữu Qưới (1988 - 1991), đồng chí Phạm Đoàn Duyên (1991 - 1998), đồng chí Nguyễn Ngọc Quế (1998 - 2002), đồng chí Nguyễn Đình Hân (2003 - 2005), đồng chí Nguyễn Mạnh Phan (2005 - 2007), đồng chí Nguyễn Đức Công (2008 - 2019), đồng chí Lê Đình Thanh (2019 - nay).

Trong giai đoạn hiện nay để nâng cao năng lực lãnh đạo, sức chiến đấu và nề nếp, chất lượng sinh hoạt của từng chi bộ, Đảng ủy Bệnh viện đã ra Nghị quyết về việc tách và thành lập thêm các chi bộ mới theo hướng mỗi khoa, phòng là một chi bộ hạn chế thấp nhất việc một chi bộ lãnh đạo nhiều khoa, phòng.

Được sự đồng ý của Thường vụ Đảng ủy khối cơ sở Bộ Y tế năm 2011 đã tách thành lập thêm 01 chi bộ, tháng 8 năm 2014 tiếp tục tách và thành lập thêm 8 chi bộ. Hiện nay Đảng bộ Bệnh viện có 20 chi bộ 237 đảng viên, là một trong ba đảng bộ lớn trực thuộc Đảng ủy khối cơ sở Bộ Y tế.